20 сентября 1991 года Верховный Совет Республики Беларусь принял постановление «О подчинении пограничных войск Комитета государственной безопасности Союза ССР, дислоцирующихся на территории Республики Беларусь».
В соответствии с Декларацией Верховного Совета Республики Беларусь о государственном суверенитете 15 января 1992 года принято постановление Верховного Совета Республики Беларусь «О создании Главного управления пограничных войск при Совете Министров Республики Беларусь».
В это время в подчинении Главного управления пограничных войск Республики Беларусь находились:
• пограничных отрядов – 2 (г. Брест № 86 в/ч 2187 , г. Гродно № 16 в/ч 2141);
• отрядов пограничного контроля – 1 (г. Брест);
• отдельных контрольно-пропускных пунктов – 1 (г. Минск);
• пограничных застав – 29;
• отделений пограничного контроля – 18;
    Для охраны государственной границы с Литовской и Латвийской республиками постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 15 сентября 1992 года № 562 созданы Полоцкий (день части – 24 сентября с 1992 года) и Сморгонский (в/ч 1259, день части – 23 октября с 1992 года) пограничные отряды.
    5 ноября 1992 года Х сессия Верховного Совета Республики Беларусь приняла законы «О Государственной границе Республики Беларусь» (изменения, дополнения и новая редакция приняты Палатой представителей Национального собрания Республики Беларусь 03.12.1998 г., одобрены Советом Республики Национального собрания Республики Беларусь 18.12.1998г., опубликованы 22.01.1999г.) и «О пограничных войсках Республики Беларусь» (изменения, дополнения и новая редакция приняты Палатой представителей Национального собрания Республики Беларусь 03.12.1998 г., одобрены Советом Республики Национального собрания Республики Беларусь 18.12.1998г., опубликованы 22.01.1999г.), которые определили статус пограничных войск и их задачи.
    Постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 28 декабря 1992 года № 562 образован 1-й учебный пограничный отряд в г. Сморгонь (день части – 28 декабря с 1992 года).
    Постановлением Верховного Совета Республики Беларусь от 11 июня 1993 года административной границе с Российской Федерацией, Украиной, Литовской Республикой и Латвийской Республикой придан статус Государственной границы Республики Беларусь.
    19 августа 1993 года принято постановление Совета Министров Республики Беларусь № 564 «О создании частей пограничных войск Республики Беларусь».
Постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 5 октября 1993 года № 667 создана отдельная авиационная эскадрилья (день части – 25 октября с 1993 года).
    Постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 13 октября 1993 года № 701 создан 2-ой учебный пограничный отряд в г. Пинске (день части – 3 января с 1994 года).
    15 марта 1994 года подписано соглашение между Правительством Республики Беларусь и Правительством Российской Федерации «О сотрудничестве по пограничным вопросам». Главными направлениями сотрудничества определены: осуществление сотрудничества по пограничным вопросам с учетом взаимных интересов, принятие надлежащих мер по обеспечению безопасности друг друга на своих внешних границах, совершенствование и унификация нормативной правовой базы, обмен информацией между пограничными ведомствами сторон, защита сведений, составляющих государственную или иную тайну, научное обеспечение.
    Указом Президента Республики Беларусь от 11.01.1997г. № 30 «О системе республиканских органов государственного управления, подчиненных Правительству Республики Беларусь» Главное управление пограничных войск Республики Беларусь преобразовано в Государственный комитет пограничных войск Республики Беларусь.
    Указом Президента Республики Беларусь от 31.07.1997 года «О мерах по усилению охраны Государственной границы Республики Беларусь» образованы Лидский (в/ч 1234, день части – 25 августа с 1997 года), Гомельский (день части – 3 сентября с 1997 года) и Пинский (на базе 2-го учебного отряда) пограничные отряды, которые приступили к охране государственной границы 1 ноября 1997 года.
    С целью сохранения боевых традиций пограничных войск и увековечения памяти воинов-пограничников в настоящее время в пограничных войсках Республики Беларусь 12 подразделений границы имеют статус именных. Из них семи подразделениям присвоены имена героев-пограничников в советский период: пограничные заставы имени Героя Советского Союза лейтенанта Кижеватова А.М., Усова В.М., Свачева А.Н., Кофанова Г.И., Беляева И.П., Новикова А.А., Завидова А.А. и пяти - в 2001-2003 годах: Хохлова Н., Пустельникова С.С., Кириченко Ф.П., Барсукова И.П., Кублашвили В.М.
         
Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка
       
  пограничные
войска
спортивная
команда ПВ
Государственный комитет пограничных войск  пограничные
войска
пограничная
служба
         
Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка
       
особый
батальон связи
г.Минск
особый
батальон связи
г.Минск
комендатура
обеспечения
г.Минск
отдельный КПП г.Минск отдельный КПП г.Минск
         
Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка
пограничная группа
г.Брест
пограничный отряд
г.Гродно
пограничный отряд
г.Пинск
пограничный отряд
г.Пинск
пограничный отряд
г.Гомель
         
Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка
       
пограничный отряд
г.Полоцк
пограничный отряд
г.Лида
пограничный отряд
г.Смаргонь
пограничный отряд
г.Смаргонь
учебный пограничный отряд г.Смаргонь
         
Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка Нашивка
 пограничный отряд
специального
назначения
пограничная
авиаэскадрилия г.Паставы
факультет погранвойск Минского военного университета авторемонтный
завод
г.Дзержинск
база хранения и обеспечения г.Дзержинск
         
Нашивка   Нашивка   Нашивка
1-й военный
госпиталь
г.Паставы
  оркестр
погранвойск
г.Брест
  2-й военный
госпиталь
г.Снов